1. 常温型冷冻式干燥机
温度是表示物体冷热程度的物理量，微观上来讲是物体分子热运动的剧烈程度。因此温度低物质热运动就慢，而温度高物质热运动就剧烈，因此真空冷冻干燥采用的是低温的干燥方法，物质的运动缓慢，因此效率就和温度高比就低。而为了提高效率就必须提高温度，因此冻干上温度每升高一度，就意味着节省一大笔钱，而这个温度升高的极限是有限制的，否则就变成了蒸发干燥了。温度必须在升华阶段保证低于制品的共熔点温度或者塌陷温度，否则就冻干失败。
温度是表征，不能衡量其能量的多少，3度的物质的能量不一定有-40的能量高，因为温度指示表征分子热运动的剧烈程度，不能表征其能量的多少，衡量物质的能量用热量，也就是与温度有关，还跟热容，物质的体积有关。热量是指当系统状态的改变来源于热学平衡条件的破坏，也即来源于系统与外界间存在温度差时，我们就称系统与外界间存在热学相互作用。作用的结果有能量从高温物体传递给低温物体，这时所传递的能量称为热量。而反过来说，存在热量交换，就可能存在温度变化，当这个热量满足其一定阶段所需，超过了他的需要量就要引起温度变化。也就是说升华是一个吸热的过程，升华的热量来源于传导，对流和辐射，当这三个热量的叠加超过升华所需要的热量，温度就会变化，也就是制品的温度就会升高，而整个升华过程中，制品的温度也是一直在升高的，这个升高的过程要控制，终在升华结束时不超过制品的共熔点温度或者塌陷温度，就是安全的。也就是整个过程中热量的提供引起物质升华和升温，而整个过程热量的供给不能超过制品升华所学和温升到制品的共熔点温度以下所需。
而对于冻干机内处于不同部位的制品的温度是不同的，同一容器内，也就是同一瓶内不同位置温度也是不同的，也是一直在变化的。一般位于冻干箱的四周也就是边缘一圈到两圈，制品的温度是偏高的，高于中心位置的，因为位于边缘的辐射热多余位于中心
2. 大型冷冻式干燥机
1:异常高电压或低电压，压缩机无法启动，电流过大，过载保护器动作而停机。
2:室外温度太高。冷凝压力升高，压缩机过载，保护器自动切断电源而停机。如果使空调器正常运转，可将风速置于中冷或低冷档，降低制冷负荷，使空调器继续运转。
3. 小型冷冻干燥机小型冷冻干燥设备
冷冻干燥机的操作方法
1、开机
2、预冻——将样品盘放入预冻架上，并置于冷阱中，温度计探头置于上层样品盘上，盖上密封盖。点击屏幕“制冷机”开关，预冻3小时。
3、更换干燥架——预冻结束后，将样品盘从冷阱中取出，迅速装进干燥架，将干燥架置于冷阱上方，罩上有机玻璃罩，干燥罩与下端“O”型密封圈接触。
4、干燥——检查充气阀门是否拧紧，点击屏幕“真空计”，如显示真空度为110kPa，点击“真空泵”，真空泵开启运行，真空度迅速下降，至20Pa以下为正常。
5、干燥度检查——经过时间的干燥运行后，查看样品曲线及视感样品已干燥，慢慢旋开充气阀门，使冷冻干燥机内压强回升至110kPa。点击“真空泵”，关闭真空泵。点击“真空计”，关闭真空计。
6、结束干燥——取下有机玻璃罩，从干燥架上取出样品盘。点击“制冷剂”，关闭压缩机。
7、收尾——冷阱中的水分融化后，从充气阀门流出，注意接收。
8、每次使用完毕，务必记录使用时长，累计300小时，更换机油。
4. 冷冻干燥机
空气干燥机不制冷有以下几方面：
1、制冷压缩机损坏，更换制冷压缩机即可；
2、制冷剂缺少，需要添加（包括找出泄漏点，补漏）
5. 普通型冷冻干燥机
一 运行前注意事项:
1.注意使用压力不能高于设备参数的压力；
2.处理气量最好不要超过设备的处理气量；
3.进行任何设备检查维修前，一定要切断电源；
4.设备运行前要通上气、水（水冷机型）。
二 运行中注意事项:
1、注意不要让水排到不合适的地方，比如机器上。
2、设备运转30分-60分钟后，排水器才会开始积水排水，属于正常现象。
3、设备运行中切勿频繁开关机，对设备伤害大，且对干燥效果影响很大。
三 停止运转
1、设备关机前，要先关停空压机；
2、注意断开干燥剂的电源；
3、水冷机型注意关闭水塔开关；
四 再次启动:
再次启动干燥机须在停机后五分钟才可再行启动，否则会发生启动失败甚至会出现异常指示或现象。